Categorías Inferiores y Selección Olímpica
Iker Muniain participó en varias categorías inferiores de la selección española. En 2009 jugó el Mundial Sub-17, siendo el único futbolista de Primera División, pero una lesión en semifinales le impidió terminar el torneo. En 2010 disputó la Eurocopa Sub-19, donde España quedó subcampeona tras perder contra Francia en la final. En 2011, debutó con la sub-21 y ese mismo año ganó la Eurocopa Sub-21, lo que le dio plaza para los Juegos Olímpicos de Londres 2012, donde jugó dos partidos. En 2013, volvió a ganar la Eurocopa Sub-21 y, en 2014, disputó su último partido con la sub-21. Durante su tiempo en las categorías inferiores, superó el récord de partidos disputados con la selección sub-21, aunque más tarde fue superado por Gerard Deulofeu.
Categoría Absoluta
El día 29 de febrero de 2012, Muniain debutó con la selección absoluta, en un partido amistoso disputado en el estadio de La Rosaleda de Málaga, contra Venezuela sustituyendo en el minuto 75 a Cesc Fàbregas. Se convirtió así en el 23.er jugador que debutaba bajo las órdenes de Vicente del Bosque. Siete años después fue convocado por el entrenador de la selección española, Luis Enrique, de cara a los dos partidos de clasificación para la Eurocopa 2020 ante Noruega y Malta. Participó en el segundo encuentro, ante Malta, sustituyendo en el minuto 56 a Juan Bernat volviendo a jugar siete años y veintiséis días después de su anterior encuentro.
| Eurocopa | Sede | Resultado |
|---|---|---|
| Eurocopa Sub 17 de 2009 | Alemania | Fase de grupos |
| Eurocopa sub 19 de 2010 | Francia | Subcampeón |
| Eurocopa sub 21 de 2011 | Dinamarca | Campeón |
| Eurocopa sub 21 de 2013 | Israel | Campeón |
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